Como eu fiz para o TeXnic Center funcionar no Windows:

Lá no menu de cima, selecione:

Build -> Define Output profiles


Perfil LaTeX => PDF

Mude:


"Path to (La)TeX compiler:"

C:\Program Files\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\pdflatex.exe


"Path to BibTeX executable:"

C:\Program Files\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\bibtex.exe


"Path to MakeIndex executable:"

C:\Program Files\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\makeindex.exe


E aí pode fechar, e selecione lá em cima o "LaTeX => PDF".

Pronto!